בזמן הניתוח בעזרת גלאי קרינה מוצאים את הבלוטה (צבע שזוהר מאוד עוזר לזיהוי הבלוטה), מסירים אותה לבדיקה פתולוגית. אין הסכמה לגבי צורך בבדיקה פתולוגית מהירה תוך ניתוחית (חתך קפוא) של בלוטת הזקיף. ניתוח מתבצע בחדר הניתוח, בהרדמה כללית, ברוב המקרים בזמן הוצאת רקמה גידולית מהשד. ישנם מקרים בודדים כאשר הוצאת הבלוטה מתבצעת לפני טיפול כמותרפי מקדים (לצורך הקטנת הגידול) ואז הגוש הסרטני ניכרת בניתוח נפרד בסיום הטיפול הכמותרפי.